Просто предположение.
Модуль запуска реализован таким образом, что параметры командной строки интерпретируются пакетным скриптом ... а # интерпретируется как начало комментария строки.
Edit:
Файл eclipse.exe загружает файл eclipse.ini. Здесь вы можете комментировать с # в начале строки. Это не доказывает, что eclipse использует пакетный скрипт для загрузки (чтобы убедиться, что нужно взглянуть на источник), но это признак того, что комментарий-допущение является действительным.