Во-первых, вам лучше использовать библиотеку времени выполнения сервера, которая предоставляет необходимые классы и интерфейсы для компиляции сервлетов и JSP, вместо того, чтобы полагаться на добавленные вручную JAR-файлы, такие как servlet-api.jar и jsp-api.jar.
Во-вторых, если это не добавленные вручную JAR-файлы, а скорее внедренные из-за другой зависимости, вы можете проверить, можно ли ограничить MyEclipse от встраивания этих JAR-файлов при создании файла WAR / EAR. Обычно этого можно достичь, открыв диалоговое окно «Свойства» динамического веб-проекта, а затем сняв флажки с этих JAR-файлов на странице свойств зависимостей модуля Java EE (отдельные JAR-файлы должны отображаться в списке на вкладке «Веб-библиотеки»).