jpgs в каких-либо специальных форматах? (CMYK вместо RGB, если так ... конвертировать в RGB)
ваши jpgs на направляющем слое? (если так, убери их из этого)
Если он работает с изображениями в той же папке, похоже, что изображения могут загружаться динамически. Вы хотите встроить их в SWF или загрузить?