MSI обеспечивает два мьютекса. 1) одна последовательность выполнения на машину и 2) одна последовательность пользовательского интерфейса на процесс. Хотя технически возможно игнорировать лучшие практики и вызывать ваш второй MSI из пользовательского интерфейса первого, вы потеряете возможность автоматической установки, и некоторые бедные клиенты однажды будут разочарованы.
Либо вкладывайте средства в загрузчик / цепочку, либо существует другая возможность, поскольку выпуск SQL Server Compact настолько мал, что они также поддерживают частную модель развертывания, при которой вы просто развертываете сборки в каталоге своего приложения. Проблема с этим подходом заключается в том, что если у Microsoft когда-нибудь появятся обновления безопасности для этих сборок, они не смогут их обслуживать. Вам придется пересобрать и развернуть свой продукт.