Использовать ST_Equals:
http://postgis.refractions.net/docs/ST_Equals.html
Ваш оператор SQL, вероятно, будет выглядеть примерно так:
SELECT y.id, z.id
FROM mytable y, mytable z
WHERE ST_Equals(y.the_geom,z.the_geom)
Запрос будет выполняться вечно, но, надеюсь, у вас есть толькосделать это один раз.После запуска возьмите результаты и аккуратно удалите дубликаты идентификаторов.
Обратите внимание, что это не избавит от границ, которые точно не перекрываются.