Datepicker не работает правильно, потому что он, вероятно, вызывает вещи в функции onLoad. Попробуйте Colorbox.js, он имеет onComplete специально для обработки этого.
http://colorpowered.com/colorbox/
JavaScript / jQuery не работает внутри ColorBox.
Это часто происходит из-за попытки получить доступ к элементу до его загрузки в документ и может быть решено путем перемещения JavaScript в обратный вызов onComplete ColorBox.
Пример (с использованием плагина jQuery Forms):
$ ( '# Login_window') Colorbox ({OnComplete:. Функция () {
$ ( '# Форма Войти') ajaxForm ().
}});