Полагаю, вы могли бы что-то сделать с помощью ловушки перед фиксацией, но я не знаю, действительно ли это отличная идея.
Почему бы вам не создать версию своего приложения самостоятельно? (и, например, укажите номер версии в коммите)
Разве это не было бы более простым решением?
Что больше svn ревизионных номеров присваивается один за другим, независимо от того, к какой ветке они относятся - это нормально для вас?