EnsureTable / @ Id должен указывать на таблицу, которую вы хотите получить. В вашем случае вам необходимо:
<EnsureTable Id="Registry"/>
<EnsureTable Id="Extension"/>
<EnsureTable Id="MIME"/>
и так далее. Это гарантирует, что набор инструментов WiX извлекает из своих определений таблиц с соответствующие записи таблицы _Validation, прежде чем модуль слияния введет определения своей таблицы без записей таблицы _Validation.
PS: Основная причина в том, что используемый вами модуль слияния не построен по спецификации. Вы можете уведомить людей, у которых вы приобрели модуль слияния, из-за того, что они производят отключенные компоненты (да, я ценю, что это, вероятно, Microsoft).