Вы можете установить свойства установщика в модулях слияния, используя этот формат:
<property_name>.<module_GUID>
Например:
CONDITION_PROPERTY.32D73316_E513_43C3_99F5_381A4B5F0A78
В вашем установщике вы можете попробовать использовать настраиваемое действие для установки свойства, используемого в условии модуля слияния.
Элемент пользовательского действия может выглядеть следующим образом:
<CustomAction Id="SetMsmProperty" Return="check" Property="CONDITION_PROPERTY.32D73316_E513_43C3_99F5_381A4B5F0A78" Value="myValue" />
Вы можете запланировать действие после InstallExecuteSequence -> AppSearch, поэтому вы можете добавить этот элемент InstallExecuteSequence:
<InstallExecuteSequence>
<Custom Action="SetMsmProperty" After="AppSearch">NOT Installed</Custom>
</InstallExecuteSequence>
Подробнее о пользовательских действиях wix можно прочитать здесь: