var iframe = $($("textarea").val());
iframe.attr("src", function(i,v) { return v + '?id=123'; }).appendTo("body");
(обновлено решением Шиме Видаса)
edit: если у вас есть firebug, на этой странице вы можете скопировать / вставить код iframe в текстовое поле и запустить его в консоли:
var lol = $("textarea").val()
var iframe = $(lol);
var test = iframe.attr("src", function(i,v) { return v + '?id=123'; })
test.appendTo("body");
И видео YouTube должно быть вставлено в конце страницы.
edit 2: Чтобы сделать то, что вы хотите в своем обновлении, попробуйте:
var value = $('textarea').val(),
wmode = '?wmode=transparent',
value1 = $(value).attr("src", $(value).attr("src") + wmode),
span = $('<span class="move"></span>'),
div = $('<div class="abs embed" id="embedId"></div>');
div.append(value1).append(span).appendTo("body");