Чтобы атомарно удалить встроенный документ, используя просто родительский идентификатор и дочерний идентификатор, вы можете сделать это:
Feed.pull(feed.id, :stories => {:_id => story.id})
Если у вас уже есть родительский документ, вы можете сделать это вместо этого:
feed.pull(:stories => {:_id => story.id})
Теперь мне стыдно задавать вопрос (и отвечать на него).Это довольно просто.