Вам не нужно создавать Java-код для 32-битных или 64-битных платформ. Код скомпилирован в байтовый код, который запускается JVM. Вы можете использовать 32-битную или 64-битную JVM для запуска вашего Java-кода.
Единственным исключением являются нативные библиотеки, которые вы можете использовать в своем коде. Если таковые имеются, вам придется вручную скомпилировать их для соответствующей платформы. В противном случае код Java полностью переносим на 32-битные и 64-битные платформы.
Пиши один раз и беги везде: -)