Хотя я согласен с тем, что у вас может не быть оптимальной структуры проекта, ответ заключается в том, что в Maven 2.2.1 есть опция «--non-recursive», которая удовлетворяет вашему первому требованию:
-N,--non-recursive Do not recurse into sub-projects
Так что-то вроде этого:
mvn --non-recursive clean compile