Я думаю, что вам сначала нужно выяснить, какое решение лучше для пользователя, прежде чем решать технические детали.Вы можете сделать это, организовав юзабилити-тестирование.Это может быть довольно легкий процесс, если вы используете методы, описанные Стивом Кругом в Rocket Surgery Made Easy.(Или его предыдущая книга, не заставляйте меня думать).
Если вам нужно другое решение: почему бы не иметь единственное окно поиска автозаполнения ajaxy, содержащее все возможные пункты меню доступа к модулю?Таким образом, пользователю не нужно прокручивать много списков, и вы сводите визуальный беспорядок к минимуму.