Есть частный API CoreGraphics.Его определение доступно благодаря реверс-инжинирингу.Если какое-то окно создано с таким API, оно не будет доступно через функции [NSApp windowWithWindowNumber: (NSInteger) windowID] или HIWindowFromCGWindowID ().
Xquartz использует библиотеку Xplugin, которая, в свою очередь, использует CoreGraphics Private API.