В интерфейсе приложения Access одновременно может быть открыт только один контейнер базы данных. В коде VBA вы можете открыть несколько экземпляров базы данных в рабочей области. См. Документацию файла справки для метода Workspace.OpenDatabase (или http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb243164.aspx) для примера, когда в одной рабочей области открыто более одной базы данных.
Можно сделать вывод, что когда транзакции поддерживаются всеми базовыми базами данных, открытыми в рабочей области, метод BeginTrans рабочей области будет применяться ко всем базам данных. Я подозреваю, что там будут драконы, но я уверен, что он будет работать с двумя MDB внутри одного рабочего пространства. Если в рабочей области открыта только одна база данных, Workspace.BeginTrans и Database.BeginTrans действительно совпадают.