Возможно, вам придется изменить значение игнорирования на косую черту ...
Внутренне, старый PHP4-эра PhpDocumentor все еще имеет некоторую собственную обработку слеша, где он пытается сделать все разделители каталогов прочитанными только как прямые косые черты. Добавьте это к значениям параметра --ignore, которые фактически являются маской регулярных выражений, и становится легко увидеть, как обратная косая черта (обычно escape-символ в регулярных выражениях) может быть коварной причиной неожиданного поведения.
Попробуйте использовать "--ignore sqlbuddy /" вместо этого, и дайте нам знать, как это происходит.