R падает при построении файлов форм - PullRequest
Новая
       21

R падает при построении файлов форм

0 голосов
/ 17 января 2011

EDIT1: я использую Windows Vista и R 2.12.1

Я строю 84 карты со spplot из пакета maptools.Я использую два видовых экрана, один для построения карты, а другой для построения графика с течением времени.Я написал цикл, который просматривает каждое подмножество данных, наносит на карту карту стран с цветовой кодировкой в ​​соответствии с их оценками и отображает тенденцию в этой оценке в течение итераций.Цикл выглядит следующим образом: 

##Read in the shape file, it is 48mb
eu27 <- readShapeSpatial("C:/Users/Thomas/Documents/EU27_shapefile/eu27_cyp.shp",proj4string=CRS     ("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs"))

##Drop not used variables from the shapefile data table
eu27@data <- data.frame(Order = 1:dim(eu27)[1], Country = as.character(eu27@data[,c("NAME_ISO")]))

##Fix longitude and lattitude for plotting later
xl <- c(-15,36) 
yl <- c(33,73)

##Set the directory for storing the plots
setwd("C:/Users/Thomas/Documents/maps/")

##Define the breaks and  colors
brks <- seq(0,8,1)
colcode <- terrain.colors(length(brks))

##Count used in the loop to keep track of iterations
count <- 1

##Vector to store the trend in time
total <- vector()

##Beginning of loop
for(i in 2001:2003){
 for(j in 1:12){
                ##Subset the data and merge it with the shape file data table
  dat <- d3[d3$Year == i & d3$Month == j, c("No","No.Neg","Country")]
  eu27dat <- merge(eu27@data,dat, by="Country", all.x=TRUE)
  eu27@data <- eu27dat[order(eu27dat$Order),]
  eu27@data$tot <- eu27@data$No + eu27@data$No.Neg

                ##Store the map plot with countries color coded in the plot1 object
  plot1 <- spplot(eu27, "tot", main = paste("Year: ",i,", Month: ",j, sep = ""), xlim=xl, ylim=yl, at = brks, col.regions = colcode)

                ##Remove the variables created
  eu27@data$No <- NULL
  eu27@data$No.Neg <- NULL
  eu27@data$tot <- NULL

                ##Update the vector with trend data from the current iteration
  total[count] <- sum(dat$No.Neg, na.rm = T)

                ##Store the trend data plot in the plot2 object
  plot2 <-xyplot(total ~ 1:length(total), type = "b", xlab = "Time", ylab = "No Votes", ylim = c(-1,4))

                ##Open a PNG device
  png(file = paste("mapNo",count,".png", sep = ""),width=20, height=12, units="cm",bg="white", pointsize=20, res=300)

                ##Create two viewports for the two plots created above
  pushViewport(viewport(layout = grid.layout(1, 2, unit(c(2, 1), "null"))))

                ##Print plot1 in the first viewport
  pushViewport(viewport(layout.pos.col = 1, layout.pos.row = 1)) 
  print(plot1, newpage = F) 
  upViewport() 

                ##Print plot2 in the second viewport
  pushViewport(viewport(layout.pos.col = 2, layout.pos.row = 1)) 
  print(plot2, newpage = F) 
  upViewport()

                ##Close the device
  dev.off()

                ##Update the count
  count <- count + 1
 }
}

Проблема в том, что R падает после 8 итераций, я подозреваю, что каким-то образом я использую огромные объемы памяти, но я действительно не знаю, что происходит.

EDIT2: я получаю сообщение об ошибке Windows, в котором говорится (перевод от Germahn): интерфейс R для Windows больше не работает

EDIT3: я отслеживал использование памяти издиспетчер задач Windows, и после 8 итераций память почти полностью израсходована.

EDIT4: я получаю ту же ошибку при использовании разных графических устройств (png, jpeg, pdf).Мне удалось запустить цикл без использования видовых экранов, поэтому я подозреваю, что это связано с видовыми экранами.

Best, Thomas

1 Ответ

2 голосов
/ 17 января 2011

Если он работает с небольшим шейп-файлом, но не с большим (а 48Мб большой), тогда да, это будет память. Одна вещь, которую я иногда видел, помогает, это вставить все в цикл в функцию, чтобы ваш файл выглядел так: 

for(i in 2001:2003){
 for(j in 1:12){
   doit(i,j,[etc])
  }
}

После каждого вызова doit () многие вещи будут, вероятно, выходить за рамки и, следовательно, собирать мусор. Я знаю, что этот трюк работал с ранними версиями R (и Splus), но, возможно, теперь это все исправлено. Проверьте некоторые из функций R, связанных с памятью, чтобы получить представление об использовании вашего процесса. Это Windows или Unix?

...