Интересно, что ваш клиент "обеспокоен тем, что у Tomcat больше дыр в безопасности". Интересно, могли бы они перечислить, что это за дыры? Если они не могут, это слух и ФУД.
Я бы сказал, что все веб-серверы / движки сервлетов страдают от одних и тех же проблем. Именно приложения, развернутые на них, представляют собой настоящие дыры в безопасности. Межсайтовый скриптинг, внедрение SQL-кода, отсутствие проверки ввода, уязвимость конфиденциальных данных из-за плохой многоуровневости и практики - это все проблемы приложения , которые будут проблемами независимо от того, какой сервер приложений вы выберете.
Мое личное мнение таково, что WebLogic - лучший сервер приложений Java EE на рынке. У меня нет непосредственного опыта работы с WebSphere, но люди, которых я уважаю, которые говорят мне, что это ужасное шоу. Я использовал Tomcat только для местного развития. Это никогда не подводило меня, но это вряд ли производственный опыт. Я понятия не имею, как оно масштабируется.
Я бы тщательно подумал о dm-сервере Spring, основанном на Tomcat, Spring и OSGi. У меня такое чувство, что оно представляет собой будущее направление, в котором пойдут все его конкуренты.