Я немного растерялся.
Прежде всего, на чем основаны библиотеки, «предоставляемые другими частями [вашей] нашей компании»?Это сборки Compact Framework (они должны быть)?Против какой версии Framework они были построены?Reflector может сказать вам это, если вы не знаете.
Во-вторых, почему вы не можете скомпилировать его с 3.5?Какие ошибки вы видите?Код должен быть на 100% совместим с прямым интерфейсом, поэтому, если он не будет собран, появится красный флаг.
Наконец, какая версия CF установлена на целевом оборудовании?Например, вы пытаетесь перенести приложение CF 2.0 на устройство с уже установленным CF 3.5?Если да, есть ли у вас файл app.config, который предоставляет параметры совместимости платформы, чтобы он знал, что может запустить вашу сборку?