Почему у вас есть папка bin, проверенная в SourceSafe? В проектах, над которыми я работал, сторонние библиотеки DLL были проверены в отдельной папке (возможно, называемой ExternalLibraries или ThirdParty) на том же уровне, что и файл решения. Процесс компиляции будет настроен для копирования библиотек в папку bin. Это может быть обработано с помощью файлов .refresh или с шагом до или после сборки. Таким образом, VisualStudio / SourceSafe не увидит файлы как обновленные и не попытается проверить их.
Если компиляция уже извлекает файлы из-за их зависимости, я бы предложил удалить папку bin из VSS. Это не то же самое, что «Исключить папку из проекта», которая при компиляции скрывает папку из VS05 (и дает указанную вами ошибку компиляции.)
Если dll сторонних производителей не изменится, другой вариант - сделать эти файлы доступными только для чтения в VSS. Таким образом, пользователи не смогут просматривать файлы. (Чтобы пометить файлы как доступные только для чтения, вам необходимо изменить права доступа из инструмента управления VSS; инструмент разработчика не имеет этой функции.)
Что касается того, почему это происходит, я не верю, что VSS проверяет двоичные номера версий - это касается только даты изменения файла. Если новый разработчик извлекает весь код, все файлы (включая двоичные файлы) будут иметь текущую дату в качестве даты изменения. Это может быть причиной ненужных проверок.
Что касается ваших последующих комментариев - я не уверен, почему VS05 не видит файлы как под контролем исходного кода, а VSS UI делает. Я подозреваю, что это связано с VSS-файлами (и аналогичными), которые находятся в этой папке. В этом случае VS05 неверен.