Я отправил автору электронное письмо напрямую, и он дал мне полезный ответ. Основной момент, который pyflakes использует для ошибок, - SpellBad. Он также привел мне пару примеров, которыми я поделюсь:
highlight SpellBad term=reverse ctermbg=1
Или для пользователей gvim:
if has("gui_running")
highlight SpellBad term=underline gui=undercurl guisp=Orange
endif