Это совершенно разные звери.
mod_fastcgi (кстати, mod_fcgid рекомендуется) просто поддерживает протокол FCGI для более быстрого выполнения CGI с помощью некоторых ручек для управления количеством процессов, которые он будет выполнять одновременно, и не намного.
mod_perl, с другой стороны, является платформой для разработки приложений, которая предоставляет вам большинство внутренних функций Apache, так что вы можете настроить каждую ручку веб-сервера из своего кода, ускорить CGI и еще намного больше .
Если все, что вам нужно, это быстро запускать ваши CGI и хотеть поддерживать как можно больше хостов, вам следует придерживаться поддержки этих двух способов запуска вашего кода и, возможно, стандартного CGI.
Если вы заботитесь о максимальной эффективности за счет гибкости, вы можете стремиться к одной платформе, вероятно, mod_perl.
Но, вероятно, самый разумный вариант - это запускать везде и использовать каркас для создания приложения, которое позаботится об использовании преимуществ конкретного способа выполнения, если он есть, например Catalyst .