Вам нужно использовать реально оптимизированные функции в kiss_fftr.h (в подкаталоге tools).Используйте kiss_fftr_alloc вместо настройки "планов" FFTW с fftw_plan_dft_r2c_1d и fftw_plan_dft_c2r_1d.Используйте kiss_fftr и kiss_fftri для выполнения прямого / обратного преобразования вместо вызова FFTW fftw_execute.Не забудьте позвонить kiss_fftr_free, когда закончите.