Вот один пример файла Sconscript
env=Environment(CPPPATH='/usr/include/glib-2.0/:/usr/lib/glib-2.0/include:inc',
CPPDEFINES=[],
LIBS=['glib-2.0'])
env.Program('runme', Glob('src/*.c'))
(Строка среды на самом деле не нужна для примера, но я включил нестандартный путь заголовка glib и оставил его там, чтобы вы могли понять, как добавлять дополнительные включения и определения)
Исходные файлы находятся в каталоге src, а заголовочные файлы - в каталоге inc. Вы запускаете scons из базового каталога, и выходной файл также генерируется в том же каталоге.