Один из способов обойти это - перестать использовать проекты веб-сайтов. Проекты веб-сайтов приводят к тому, что Visual Studio автоматически добавляет в проект все, что находит в пути проекта.
Вместо этого перейдите к проектам веб-приложений, у которых нет этой проблемы поведения.
Проекты веб-сайтов хороши для разработки для одного человека.
UPDATE:
В магазинах VB с минувших дней были похожие проблемы, связанные с тем, что они устанавливали, влияли на процесс сборки. Вы можете взять страницу из их playbook и иметь «чистый» сборочный компьютер. Перед выполнением развертывания вы должны удалить все папки проекта, а затем сделать последние. Таким образом, вы будете уверены, что единственное, что развернуто, это то, что у вас есть в управлении исходным кодом.
Кстати, именно так работает сервер TFS Build. Он удаляет рабочее пространство, затем создает новое и загружает необходимые файлы проекта.
Кроме того, вы можете использовать что-то вроде Круиз-контроль для обработки сборок.