Вы можете удалить папку функций, как и любую другую в вашей кассе, и зафиксировать изменение.
Чтобы предотвратить это в будущем, я предлагаю вам следовать соглашениям об именах для макета SVN.
Либо дайте каждому проекту ствол, ветки, папку тегов при их создании.
svn
+ project1
+ trunk
+ src
+ etc...
+ branches
+ features
+ src
+ etc...
+ tags
+ project2
+ trunk
+ branches
+ tags