То, что вы спрашиваете, звучит противоречиво для меня. Может быть, я просто не понимаю, о чем ты спрашиваешь.
Если вы просто хотите получить доступ к F1, если возникнет такая необходимость, отметьте F1, прежде чем объединить ветвь F2.
Если вы сливаете ветвь обратно в ствол, файлы F2 будут перекрывать файлы F1. Вот что такое слияние.
Если вы хотите сохранить файлы F1 и F2, вы добавили бы ветвь в ствол и удалили ветвь. Таким образом, файлы F1 и F2 будут доступны. Я бы сделал это, экспортировав рабочую копию F2, предоставив рабочую копию F2 и удалив исходный F2.