Если вы хотите использовать помощника URL с маршрутами Regex, вам нужно передать 4-й параметр в Zend_Controller_Router_Route_Regex, который он может использовать для перестроения маршрута.Этот 4-й параметр должен быть строкой в формате sprintf, в который он может вставлять параметры.
В вашем случае это будет что-то вроде:
$route = new Zend_Controller_Router_Route_Regex(
'user/(\d+)',
array(
'module' => 'user',
'controller' => 'view',
'action' => 'index'
),
array(
1 => 'id'
),
'user/%d'
);
$router->addRoute('user', $route);
Есть некоторая информация по этомупрямо в конце раздела руководства по маршрутам Regex: http://framework.zend.com/manual/en/zend.controller.router.html#zend.controller.router.routes.regex - но его легко пропустить.