Самый простой способ - запустить Eclipse CDT на Linux Box и использовать программное обеспечение X11-Forwarding или программное обеспечение удаленного рабочего стола, такое как VNC.
Это, конечно, возможно только в том случае, если Eclipse присутствует на коробке Linux и ваше сетевое соединение с коробкой достаточно быстрое.
Преимущество состоит в том, что из-за того, что все локально, у вас не будет проблем с синхронизацией, и у вас не будет никаких неловких кроссплатформенных проблем.
Если у вас нет затмения на коробке, вы можете подумать о совместном использовании рабочего каталога linux через SMB (или SSHFS) и доступе к нему с вашего компьютера с Windows, но это потребует некоторых настроек.
И то, и другое лучше, чем две копии, особенно если это кроссплатформенное.