Возможно, это не окончательное решение вашей проблемы, но я заметил, что, например, RSS Bandit - программа чтения RSS, использующая IE в качестве механизма рендеринга, - похоже, имеет другую базу cookie чем «настоящий Internet Explorer». Таким образом, вы можете иметь два (основанных на IE) сеанса браузера одновременно.
Не уверен, если - и когда - это применимо к другим приложениям.