Даже мониторы производительности Windows не позволяют просматривать загрузку ЦП с помощью AppDomain - поскольку домены приложений являются логическими конструкциями CLR и не известны ОС, единственное отслеживание использования ЦП находится на уровне процесса - я был бы шокирован, если бы есть способ ограничить то, что вы даже не можете отслеживать.
Что именно является причиной вашего желания сделать это? Почему вы не хотите, чтобы ваше приложение использовало все доступные ему ресурсы? Если это просто случай, когда нужно убедиться, что для запуска других процессов достаточно ресурсов, вы не можете просто установить очень низкий приоритет потоков и позволить планировщику Windows выяснить это?