Пользовательские сценарии можно зарегистрировать с помощью метода ClientScriptManager.RegisterClientScriptInclude во время загрузки страницы. Кроме того, вы можете просто включить скрипт на своей странице .aspx. Если это общедоступный серверный элемент управления, первый способ, вероятно, более предпочтителен.
РЕДАКТИРОВАТЬ: в качестве альтернативы вы можете зарегистрировать сценарии в теге <head> страницы следующим образом:
HtmlGenericControl jqueryInclude = new HtmlGenericControl("script");
jqueryInclude.Attributes.Add("type", "text/javascript");
jqueryInclude.Attributes.Add("src", "http://<path to jQuery>");
Page.Header.Controls.Add(jqueryInclude);