Старая тема, но может помочь будущим читателям.
Я нашел это решение ( здесь ), которое предлагает сжимать / распаковывать каталог, используя собственный класс GZipStream.
Пример создания списка файлов с использованием Directory.GetFiles, но этот пункт легко изменить и адаптировать к вашим потребностям.
Примечание: сжатый файл не является файлом gzip, который можно открытьсторонним программным обеспечением, но это хорошее решение для внутреннего управления вашим приложением (лично я использую его для передачи файлов исправлений приложения по сети).