Попробуйте использовать код, подобный этому:
using (SPSite site = new SPSite("site_url_here"))
{
var webApp = site.WebApplication;
var customZoneSettings = webApp.IisSettings[Microsoft.SharePoint.Administration.SPUrlZone.Custom];
bool useBasicForCustomZone = customZoneSettings.UseBasicAuthentication;
}
Здесь вы получаете родительский SPWebApplication для указанного сайта и ищете его IisSettings для указанной зоны (поскольку для разных зон могут быть разные настройки). Объект SPIisSettings содержит множество свойств, которые помогут выполнить вашу задачу, например, UseBasicAuthentication.