Я не уверен, что это то, что вы ищете, или это поможет, но только в качестве ориентира для исследования, обратите внимание, что вы можете связать два файла конфигурации. Например, у меня есть строка подключения в отдельном файле, поэтому моя строка connectionStrings в Web.config выглядит так:
<connectionStrings configSource="WebCS.config"/>
Тогда в отдельном файле я имею:
<connectionStrings>
<add name="BSDIConnString"
connectionString="Data Source=XXX;Initial Catalog=XXX;User ID=XXX;Password=XXX"
providerName="System.Data.SqlClient"/>
</connectionStrings>