Вы пытались просмотреть код в профилировщике, например RedGate ANTS Performance Profiler , чтобы увидеть, что делает код?
Код, размещенный внутри приложения ASP.NET, запускается в совершенно иных условиях, чем приложение WinForm. Вы можете столкнуться с проблемами ThreadPool при загрузке через рабочий процесс IIS.
Возможно, вы столкнулись с проблемой, когда ваш код не был предварительно скомпилирован в приложении ASP.NET.
Все это говорит о том, что запуск вашего приложения через Profiler даст вам лучшее представление о том, как все работает.