Я знаю, что этот вопрос задавали некоторое время назад, но, поскольку он находится на вершине результатов Google, я подумал, что дам правильный ответ.
В вашем файле .vimrc NERDTreeFromBookmark не будет указывать имя закладки, НО откроет жесткий путь.
Например:
au VimEnter * NERDTreeFromBookmark /path/to/your/bookmark/folder/
Это откроет NERDTree в этом месте при запуске VIM.
Надеюсь, что это помогает некоторым людям.
EDIT:
я думаю, вы могли бы также сделать:
au VimEnter * NERDTree /path/to/a/folder/