На самом деле, как говорит Дамоко, это похоже на ошибку в Eclipse. Если я удаляю (копирую в другое место) файл из окон, обновляю затмение, а затем восстанавливаю файл и снова обновляю, предупреждение исчезает.
Я использую Eclipse Galileo build 20090621-0832.