Если ваш код все равно будет работать вместе и по отдельности бесполезен, нет ничего плохого в том, чтобы хранить все в одном файле. Я могу вспомнить хотя бы популярный пакет (BeautifulSoup), который делает это. Конечно, облегчает установку.
Конечно, если в будущем кажется, что вы могли бы использовать часть своего кода с другим проектом, или если обслуживание стало проблемой, тогда беспокойтесь об организации вашего проекта по-другому.
Из вопросов, которые вы задавали в последнее время, мне кажется, что вы беспокоитесь обо всем этом немного преждевременно. Часто для меня такие проблемы лучше решать чуть позже в решении. Специально для небольших проектов моя цель - найти правильное решение, а тогда оптимальное.