Project -> Project Dependencies предназначен только для описания дополнительных не связанных между собой зависимостей.Чтобы указать зависимость ссылки для неуправляемого кода, используйте:
Проект -> Свойства -> Общие свойства -> Каркас и ссылки -> Ссылки -> Добавить новую ссылку ... -> Проекты
идля использования управляемого кода:
Проект -> Добавить ссылку -> Проекты
При правильной настройке Visual Studio должна иметь возможность находить ссылки между проектами.