Пока команда latex2rtf предсказуема (и я не знаю причин, по которой она не будет), вы можете заставить ее запускать scons.
Вот простой пример создания Builder для запуска latex2rtf в .tex для генерации .rtf:
env = Environment()
LATEX2RTF = '/usr/local/bin/latex2rtf'
latex2rtf_bld = Builder(action='%s $SOURCE -o $TARGET' % (LATEX2RTF),
suffix='.rtf', src_suffix='.tex')
env.Append(BUILDERS={'RTF': latex2rtf_bld})
env.RTF('chap1.rtf', 'chap1.tex')
env.RTF('chap2.rtf', 'chap2.tex')
env.Alias('gen-rtf', [ 'chap1.rtf', 'chap2.rtf' ])
Возможно, вам придется изменить действие latex2rtf в соответствии с вашими настройками.