Да, действительно, это проблема. Мы запускаем три веб-приложения на сервере Tomcat: № 1 использует среду веб-приложений, Hibernate и многие другие JAR-файлы, нет. 2 использует Hibernate и несколько JAR-ов и нет. 3 - это очень простое приложение JSP.
Когда мы развернем №. 1, мы всегда перезагружаем Tomcat. В противном случае космическая ошибка PermGen скоро укусит нас. № 2 иногда можно развернуть без проблем, но так как он часто меняется, когда нет. 1 также, перезапуск запланирован в любом случае. № 3 не создает никаких проблем и может быть развернут как угодно часто без проблем.
Итак, да, мы обычно перезапускаем Tomcat. Но мы также с нетерпением ждем Tomcat 7, который должен решать многие проблемы с загрузкой памяти / классов, которые скрыты в различных сторонних JAR и средах.