Вы не можете перезапустить его, но в зависимости от приложения вы можете имитировать перезапуск.
Если это консольное приложение, вы можете просто снова вызвать метод main(..)
.
Если это настольное приложение, вы можете скрыть текущие JFrame
и setVisible(true)
новые JFrame