Я использую APC уже более года и без проблем на четырех разных серверах и более чем на 30 разных сайтах. Все эти сайты Smarty, используют динамический контент буквально везде. На данный момент я использую на довольно интенсивно используемом клиентском сайте без проблем. Не один раз.
APC кэширует скомпилированные шаблоны и повторно кэширует их, когда / если они изменены (скомпилированы компилятором Smarty). Динамический контент будет работать точно так же, как и раньше, но будет, конечно, немного быстрее.
Так что иди и используй его.