Возможно, немного поздно, но вот мое решение.
Вы должны отключить исходный элемент select (как упоминалось ранее), а затем удалить элемент jqTransform для этого выбора и повторить действие jqTransform.*
Я написал для себя небольшую функцию (я также упомянул здесь: jqTransform Select - Ajax Update? ).
function fix_select(selector) {
selectedVal = $(selector).children(':selected').val();
$(selector).children('option').removeAttr('selected');
$(selector).children('option[value="'+selectedVal+'"]').attr('selected','selected');
$(selector).removeClass('jqTransformHidden');
$(selector).css('display','block');
$(selector).prev('ul').remove();
$(selector).prev('div.selectWrapper').remove();
var selectElm = $(selector).closest('.jqTransformSelectWrapper').html();
$(selector).closest('.jqTransformSelectWrapper').after(selectElm);
$(selector).closest('.jqTransformSelectWrapper').remove();
$(selector).closest('form').removeClass('jqtransformdone');
$(selector).closest('form').jqTransform();
}
Вызовите эту функцию послеизменил выбранный вами элемент (отключил его, добавил опции через ajax oid).
fix_select('select#my_updated_select_box');