Ваша проблема в том, что если происходит перезагрузка ajax, ваши части dom заменяются новыми, а плагин Jqtransform не заменяет новые части, которые загружаются и применяются к dom.Вам нужно отозвать или перезапустить вызовы Jqtransform при каждой загрузке или замене домена.