Я знаю, что это старый вопрос, но, возможно, это кому-то поможет. Я не смог найти ответ, поэтому я заглянул в код jqtransform.js.
Просто прокомментируйте эту строку:
if($select.hasClass('jqTransformHidden')) {return;}
А потом, после запуска события "onchange":
$('#container select').jqTransSelect();