Если вы используете только Python 3, начните свои сценарии с:
#! /usr/bin/env python3.1
И вы будете использовать правильную версию, не думая о системе.
edit:Кстати, эта идея предложена в документации по Python.Каждый скрипт будет работать на той версии Python, от которой он зависит.Поскольку Python 3 не имеет обратной совместимости, кажется опасным заменять исполняемый файл Python на тот, который будет нарушать сценарии, на которые могут положиться другие утилиты.