Было бы желательно просмотреть список здесь - у них есть довольно полезный контрольный список / инструкции о том, что проверять.
В нем объясняются наиболее распространенные и некоторые менее распространенные причины цитируемого сообщения, как их проверить и где искать.
Обычно, это не должно иметь ничего общего с вашим SQL, но с настройками.
Помимо первой и самой очевидной причины (тайм-аута), я бы также попытался установить, является ли поведение таким же, когда запрос выполняется через клиент / скрипт командной строки, по сравнению, например, с его выполнением через php (и / или что-то еще ваша среда), JDBC / ODBC, возможно, также.
Если поведение всегда одинаковое, я бы сконцентрировался на настройках сервера (используя документы mysql).